1980年北京工业大学机械工程系毕业，1982年获北京理工大学光学工程系硕士学位，1997年获清华大学经管学院技术经济专业博士学位。1987-1988 年在美国乔治华盛顿大学管理科学系作访问学者。1985年从事科研管理工作以来，历任中国科学院科技政策与管理科学研究所政策研究室副主任、主任，副所长、所长、党委书记。2003年3月至2004年12月任全国人大常委会专职委员。2008年3月任十一届全国人大常委、教育科学文化卫生委员会委员。

90年代以来主编或参与主编、撰稿出版书籍10余册，发表论文60余篇，译著译文10余篇。7项成果获部委级科技进步奖，3项成果被定为国家级科技成果。在国内率先提出技术创新的测度指标。在高技术企业创业与创新的研究方面研究比较深入，此项研究作为国家基金委重大项目的一个专题获得教育部科技进步一等奖。在S—863计划管理体制研究中，提出国家级科技计划体制机制设计的原则和方法。

方新是党的十六大代表。曾获中央国家机关工作委员会优秀妇女领导干部(2002年)，中国科学院青年科学家奖(2001年)，国家教育部科技进步一等奖(2000年)，中国科学院科技进步三等奖(1991、1992、1995、1999年)，国家科委科技进步二等奖(1992年)，国家科委表彰(1986年)。方新现还兼任北京市人民政府顾问，国际科技政策研究会理事，中国科学学与科技政策研究会理事长，中国软科学研究会副秘书长，北京市软科学指导委员会主任，中国科学院研究生院管理学院教授，《科学学研究》主编等职。2010年当选第三世界科学院院士。